Do stworzenia rekombinowanego białka, potrzebny jest gen izolowany i klonowany do wektora ekspresyjnego. Większość takich białek w zastosowaniach terapeutycznych jest od ludzi, ale ulega ekspresji w innych organizmach, takich jak komórki zwierzęce, drożdże albo bakterie. Ludzkie geny są bardzo złożone , w znaczącej liczbie przypadków zawierają spore introny.
Dlatego również bezbłonową wersję genu w bardzo wielu sytuacjach otrzymuje się przez przemianę mRNA w cDNA. Ten ostatni nie zawiera regionów regulatorowych, wektory ekspresyjne muszą dostarczać promotor, miejsce wiązania rybosomu i sekwencje terminatora. Sporo problemów wpływa na ekspresję rekombinowanych białek. Organizmy różnią się pod kątem kodonów dla każdego aminokwasu, dlatego poziom odpowiednich tRNA zmienia się w zależności od organizmu. Jeżeli gen rekombinowanego białka wykorzystuje kodony, które są rzadkie w organizmie gospodarza, mała ilość tRNA zaczyna ograniczać szybkość ekspresji. Dodanie rzadkiego tRNA albo zmiana sekwencji kodującej genu, będącego przedmiotem zainteresowania może rozwiązać ten problem.
Gen dla rekombinowanego białka można także przemienić, by uczynić białko bardziej stabilnym.Zmiana N-końcowego aminokwasu, usunięcie sekwencji PEST lub koekspresja molekularnego białka opiekuńczego, zwiększają stabilność białka. Jeśli zbyt duża ilość rekombinowanego białka wytwarzana jest zbyt bardzo szybko, może agregować do ciałek inkluzyjnych. Za pomocą regulowanych wektorów ekspresyjnych można kontrolować szybkość, z jaką wykonuje się rekombinowane białko.
Warto zobaczyć: Ekspresja białek.